С начала 1920-х годов в научных кругах Дагестана и среди приезжих исследователей утвердилось мнение о необходимости создания заповедных территорий в низовьях рек Самур, Сулак и Терек, а также на Гунибском плато во внутригорном Дагестане. Тогда в республике были организованы Самурский и Порабочевский заказники.

Позже, во второй половине 20 века, в качестве приоритетных для придания заповедного статуса территорий стали предлагать    Аграханский залив, Самурский лес, бархан «Сарыкум» и высокогорья Главного Кавказского хребта в районе горы «Гутон», на границе с Грузией и Азербайджаном.

Многолетние споры по Самурскому лесу закончились не в пользу сторонников заповедника. Здесь, в 1982 г. был организован федеральный заказник «Самурский». Аграханский залив в последующем подвергся сильной антропогенной трансформации, и в итоге в 1983 году  лишь его северная часть была объявлена заказником федерального значения. На Гутонском участке, планируемом под заповедник, в  1986 году был создан Тляратинский заказник. Гунибское плато лишь в 2006 году получило статус ООПТ регионального значения, когда здесь был создан природный парк «Верхний Гуниб».

Когда стало понятно, что Аграханскому заливу, Самурскому лесу и другим территориям придать статус заповедника не удается,  в качестве альтернативного варианта был предложен Кизлярский залив. В продвижении этой территории как участка будущего заповедника неоценимую роль сыграли орнитологи, среди которых необходимо отметить Ю.А. Исакова, А.В. Михеева и Ю.В. Пишванова. В 1986 году в новую перспективную сеть государственных заповедников РСФСР на период до 2000 г. в числе приоритетных  был включен Дагестанский заповедник с участками «Сарыкумские барханы» и «Кизлярский залив». 

Датой «рождения» заповедника принято считать 9 января 1987 года, когда вышло постановление Совета министров РСФСР № 6 о создании государственного природного заповедника «Дагестанский».

В 2009 году приказами Министерства природных ресурсов и экологии России все три федеральных заказника, расположенных на территории республики Дагестан (Аграханский, Самурский и Тляратинский) были переданы в состав ФГУ ГПЗ «Дагестанский» в том же статусе. Приказом Министерства природных ресурсов и экологии РФ № 71 от 26 марта 2009 г. были внесены изменения в Положение о государственном природном заповеднике «Дагестанский», согласно которым заповедник осуществляет охрану территорий государственных природных заказников федерального значения «Аграханский», «Тляратинский» и «Самурский». Позднее Минприроды России приняло приказ N 362 от 3 ноября 2009 г. "Об утверждении Положения о государственном природном заказнике федерального значения "Самурский", по которому с 2010 года охрану территории заказника, и мероприятия по сохранению биологического разнообразия и поддержанию в естественном состоянии природных комплексов и объектов осуществляет заповедник "Дагестанский".

29 июня 2010 г. Минприроды России обнародовал Схему территориального планирования Российской Федерации в области развития и размещения ООПТ федерального значения на период до 2020 г.

Этот документ содержит, в частности, положения о расширении территории заповедника «Дагестанский» и создании в Республике национального парка «Самурский». В состав заповедника будут включены участки «Тляратинский» (на базе Тляратинского заказника), «Аграханский» (в границах заказника Аграханский») и «Уллучаевский» (массивы широколиственных лесов в Кайтагском районе). Существующий участок «Сарыкумские барханы»  будет расширен за счет включения в его состав прилегающих склонов хребта Нарат-Тюбе. В случае реализации этого документа в полном объеме площадь заповедника «Дагестанский» увеличится более чем в 5 раз, и он станет одним из самых больших на Кавказе и в европейской части России.